На Ямале за период межсезонья и первый месяц навигации 2016 года водным транспортом выполнено 6 014 рейсов (в том числе на переправе Салехард – Лабытнанги 5 949 рейсов), в ходе которых перевезены 54 861 пассажир (в том числе на переправе Салехард – Лабытнанги 47 132 пассажира), на межрегиональных рейсах – 1 817.

Правительство ЯНАО осуществляет регулирование тарифов на перевозки пассажиров и багажа по социально значимым маршрутам. В 2016 году за счет средств окружного бюджета выполняются перевозки по льготным тарифам на шести социально значимых межмуниципальных маршрутах. Это маршруты из Салехарда до Ныды, Антипаюты, Казым-Мыса, Катравожа, Мужи, Лабытнанги (на переправе Салехард – Лабытнанги и в период межсезонья).

Межрегиональные пассажирские перевозки водным транспортом по специальным тарифам в 2016 году выполняются по двум социально значимым маршрутам: «Березово – Салехард – Мужи – Салехард – Березово», «Омск – Тобольск – Ханты-Мансийск – Салехард – Ханты-Мансийск – Тобольск – Омск». За первый месяц навигации по данным маршрутам выполнено 25 рейсов, перевезены 5 912 пассажиров. 

Пассажирские перевозки на межмуниципальных и межрегиональных маршрутах осуществляет АО «Северречфлот», на переправе Салехард – Лабытнанги – ООО «Реском-Тюмень», в межсезонье на переправе Салехард – Лабытнанги – АО «Ямалавтодор».

Для выезда населения автономного округа на личном автотранспорте к местам проведения отпусков и обратно осуществляются перевозки на паромной переправе «Салехард – Приобье». Финансирование содержания водных путей общей протяженностью 803 км и, в том числе, дноуглубительных работ осуществляется за счет средств окружного бюджета.

В границах автономного округа расположены водные пути общей протяженностью более 3 тыс. км, а основные водные магистрали проходят по рекам Обь, Малая Обь, Таз, Надым и Пур.