Контракт на организацию перевозок водным транспортом между Комитетом по транспорту Санкт-Петербурга и ООО «МБС» - единственным перевозчиком, обслуживавшим аквабусы последние сезоны, истек в 2015 году.  Истечение контракта означает приостановку проекта.

Контракт не продлен из-за отсутствия бюджетных средств для финансирования водных перевозок на следующий год и отказа от данного вида транспорта до уточнений условий работы перевозчиков.

В городе могут остаться субсидируемые водные маршруты, в частности, считается потенциально эффективным линия Санкт-Петербург – Кронштадт, а также маршруты вдоль правого берега Невы и короткие маршруты в Приморском районе.

Между тем, варианты субсидируемых водных маршрутов не исключаются Комитетом. Так, потенциально эффективными считаются: линии Санкт-Петербург – Кронштадт, маршруты вдоль правого берега Невы и короткие маршруты в Приморском районе.

По итогам сезона навигации 2015 года аквабусы перевезли 23 тыс. человек в будние дни и 36 тыс. в выходные дни. Городские субсидии, при этом, выделялись только на поездки по будням, организацию перевозок в выходные дни перевозчик осуществлял без помощи бюджетных средств (что послужило причиной значительной разницы в тарифных планах на будние и выходные), передал портал «Транспорт Санкт-Петербурга».