Постановлением правительства России от 5 августа 2015 года №800 министерству транспорта России разрешено  иметь семь заместителей министра, и до 13 департаментов по основным направлениям деятельности ведомства. Как следует из текста постановления, в том числе разрешено иметь одного первого заместителя министра, одного статс-секретаря - заместителя министра и одного заместителя министра - руководителя Федерального агентства морского и речного транспорта.