Председательство в HELCOM перешло двум представителям Европейского союза до 30 июня 2018 года. В частности, директор по качеству жизни, воды и воздуха в Европейской комиссии Марианн Веннинг и начальник отдела морской среды и водного хозяйства в ЕК Матьяж Малгай займут посты председателя HELCOM и его заместителя. Приоритетами ЕС будут улучшение экосистемы Балтийского моря до 2021 года, содействие инновациям в деле развития синей (экологической) экономики и решение проблем регионального управления.
Как напоминает Хельсинкский комитет, место председателя в Хельсинкской комиссии каждые два года передается участниками HELCOM в соответствии с английским алфавитом.
Эстония председательствовала в Хельсинкской комиссии до 30 июня 2016 года. Страну представлял Харри Лийв.